管理中心为市政府直属不以营利为目的的独立的事业单位。中心设置3个分中心：中共中央直属机关分中心、中央国家机关分中心、北京铁路分中心；垂直管理24个管理部；内设13个处室；下设2个直属事业单位：北京市住房贷款担保中心、北京市住房贷款个人信用信息服务中心。